故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
演奏会结束，三年级前辈正式引退，社团开始了换届。 连霸八年全国大赛的海幕高中，今年的目标是九连冠。然而换届第一天，社团很多人不来参加晨练。 打击乐部长质疑阿一的实力、乐器组不满新组长的人选、新乐团首席不得人心……全国大赛在即，人心涣散的管弦乐部该如何应对换届的风波？
